মুক্তিযুদ্ধের সময় জামাত ও এর সহযোগী সংগঠন ইসলামী ছাত্র সংঘের কর্মীরা আল বদর, আল শামস নামের সশস্ত্র দলে যোগ দিয়ে সারাদেশে মানবতাবিরোধী অপরাধ ঘটায়। এ সব সংগঠনের সদস্যদের নিয়ে গঠিত আলবদর বাহিনীর বৃহত্তর ময়মনসিংহ অঞ্চলের প্রধান সংগঠক ছিলেন জামাত নেতা মোহাম্মদ কামারুজ্জামান।
ওই সময় হত্যা ও গণহত্যার সঙ্গে সরাসরি জড়িত ছিলেন তিনি। মানবতাবিরোধী অপরাধে যুক্ত থাকার ৭টি অভিযোগের মধ্যে ৫টিই সন্দেহাতীতভাবে প্রমাণিত হওয়ায় ২০১৩ সালের ৯ মে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-২ কামারুজ্জামানকে মৃত্যুদণ্ডাদেশ দেয়।
৭১ এর মুক্তিযুদ্ধে জামাতের ছাত্রসংগঠন ইসলামী ছাত্র সংঘের সদস্যদের নিয়ে গঠিত আলবদর বাহিনীর বৃহত্তর ময়মনসিংহ অঞ্চলের প্রধান সংগঠক ছিলেন বর্তমানে জামাতের সহকারি সেক্রেটারি জেনারেল মোহাম্মদ কামারুজ্জামান।
২০১০ সালে মানবতাবিরোধী অপরাধের তদন্তের মধ্য দিয়ে তাকে বিচারের আওতায় আনা হয়। আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল তার বিরুদ্ধে ৭টি ঘটনায় অভিযোগ গঠন করে।
অভিযোগগুলো হলো:
১. ৭১ এর ২৯ জুন শেরপুরে বদিউজ্জামানকে গুলি করে হত্যা।
২. মে মাসের মাঝামাঝি সময়ে শেরপুর কলেজের অধ্যক্ষ সাইদ আবদুল হান্নানকে নির্যাতন।
৩. ২৫ জুলাই শেরপুরের সোহাগপুরে একদিনেই ১২০ জনকে হত্যা ও নারী ধর্ষণ
৪. ২৩ আগস্ট শেরপুরের নারায়ণপুরে গোলাম মোস্তফাকে গুলি করে হত্যা,
৫. ৭১ এর রমজান মাসে শেরপুরের চকবাজার ও ময়মনসিংহের কাঁচিঝুলিতে গণহত্যা ও
৬. নভেম্বরে ময়মনসিংহে টেপা মিঞাকে বেয়নেট দিয়ে হত্যার সঙ্গে জড়িত ছিলেন কামারুজ্জামান
২০১০ সালে ধর্মীয় অনুভূতিতে আঘাত দেয়ার অভিযোগে করা এক মামলায় গ্রেপ্তার দেখানো হয় কামারুজ্জামানকে।
পরে একই বছর ২ আগস্ট তাকে মানবতাবিরোধী অপরাধে গ্রেপ্তার দেখানো হয়। ২০১১ সালে রাষ্ট্রপক্ষের কাছে চূড়ান্ত তদন্ত প্রতিবেদন দাখিল করে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের তদন্ত সংস্থা। ২০১২ সালের ১২ জানুয়ারি রাষ্ট্রপক্ষ অভিযোগপত্র দাখিল করলে ৩১ জানুয়ারি তা আমলে নেয় আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-১। পরে মামলাটি ট্রাইব্যুনাল-২ এ স্থানান্তর করা হয়।
২০১৩ সালের ১৬ এপ্রিল মামলার বিচারিক প্রক্রিয়া শেষ হলে রায়ের জন্য অপেক্ষমান রাখা হয়। ওই বছর ৯ মে মামলার রায়ে কামারুজ্জামানকে মৃত্যুদণ্ডাদেশ দেয় আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-২। এরপর ৬ জুন আপিল করেন তিনি। শুনানি শেষে ১৭ সেপ্টেম্বর মামলাটি রায়ের জন্য অপেক্ষমান রাখে আপিল বিভাগ।
